Na místní úrovni zajišťují převážnou část výkonu státní správy v současném systému veřejné správy kraje a obce (v rámci tzv. přenesené působnosti). Na území hlavního města Prahy vykonávají státní správu především úřady městských částí na základě kompetencí přímo ze zákona nebo na základě kompetencí  svěřených jim Statutem hl.m. Prahy a Magistrát hlavního města Prahy.
Kraje a obce zajišťují ochranu životního prostředí na svém území rovněž v rámci samosprávy (tzv. samostatná působnost).